不合法，公司不应从出差款中扣除工资。依据《劳动法》，解除劳动合同时应一次付清工资。克扣工资可投诉劳动监察或申请劳动仲裁。《劳动法》规定，克扣工资属于违法行为，可能导致劳动关系恶化及法律纠纷。
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不合法，应维权。具体操作：1.与公司沟通，要求合理解释扣款原因并提供明细；2.若沟通无果，收集证据如工资条、出差报销单等；3.向劳动监察大队投诉，提交证据材料；4.若问题仍未解决，申请劳动仲裁，通过法律途径维权。
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常见处理方式为投诉或仲裁。可先尝试与公司沟通解决，无果后向劳动监察大队投诉或向劳动仲裁机构申请仲裁，根据具体情况选择最适合的方式。