工厂每天工作12小时，可能违反劳动法。依据《劳动法》，通常工作时间不应超过每日8小时，超时需经劳动行政部门批准。长期超时工作可能导致员工健康受损，影响工作效率和生产力。
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工厂超时需处理。操作如下：1.核查工时，确超法定8小时；2.与员工沟通，了解意愿，考虑调整或补偿；3.若需特殊工时，向劳动行政部门申请批准；4.确保员工健康，避免长期超时工作带来的负面影响。
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工厂超时工作常见处理方式为调整工时或申请特殊工时制。若工时合理且符合员工意愿，可申请特殊工时；否则，应调整至法定工时内，以避免法律风险。