公司扣除半个月薪水不合法。依据《劳动法》，用人单位应在解除劳动合同时一次付清工资。不及时处理，劳动者可能面临经济损失，且公司可能构成违法。
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常见处理方式为协商或申请劳动仲裁。若公司愿意沟通，可选择协商；若协商无果，应准备证据申请劳动仲裁，以维护自身权益。
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公司扣薪不合法。处理方式：1.与公司协商，要求支付全额工资；2.若协商不成，收集证据，如工资条、辞职信等；3.向劳动仲裁委员会申请仲裁，提交证据，要求裁决公司支付工资。