质疑函回复不满意，招标仍可进行，但建议先处理投诉。根据《招标投标法》规定，对质疑回复不满可投诉至相关部门。若不及时处理，可能影响招标公正性，导致后续合同执行纠纷。
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质疑不满可投诉。操作如下：1. 与招标方沟通，尝试协商解决；2. 若协商无果，准备投诉材料，包括质疑函、回复及不满理由；3. 向当地建设局、招标局或财政部门提交投诉，并跟进处理结果；4. 根据投诉处理决定，决定是否继续参与招标或采取其他法律措施。
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质疑函回复不满意，常见处理方式是投诉或协商。建议先尝试与招标方协商，若协商无果，则根据规定向建设局或招标局等投诉，以确保自身权益。